Nowy etap rozwoju miasta zapoczątkował rok 1990. Na skutek reformy administracji samorządowej wybrano Radę Miejską, Zarząd Miasta i burmistrza. Pierwszym burmistrzem został Bogdan Koszuta. Rozpoczęcie działalności samorządu terytorialnego wpłynęło bardzo korzystnie na realizację zadań inwestycyjnych w mieście. W okresie tym duży nacisk położono na rozwój mieszkalnictwa, infrastruktury komunalnej, uporządkowanie gospodarki ściekowej, remonty placówek oświatowych. Ponadto, jako jedno z pierwszych w kraju, od 1.09.1990r. miasto przejęło prowadzenie szkół podstawowych, a w latach 1995-98 prowadziło Liceum Ogólnokształcące im. Zygmunta Działowskiego w Wąbrzeźnie.
17 sierpnia 1990 roku wydano pierwszy numer pisma lokalnego „Wiadomości Wąbrzeskie”, które ukazywało się systematycznie najpierw co dwa tygodnie, a następnie co tydzień, przez 20 lat (ostatni numer ukazał się 12 sierpnia 2010 roku). W 1991 r. powstał Społeczny Komitet Budowy Miejskiej Telewizji Kablowej. Siecią wąbrzeskiej telewizji kablowej do roku 2001 administrował Wąbrzeski Dom Kultury, obsługując ok. 2000 abonentów. Od 1994 roku istnieje program lokalny MTK. Audycje emitowane są w cyklu tygodniowym.
Do osiągnięć inwestycyjnych zaliczyć należy oddanie do użytku nowoczesnej oczyszczalni ścieków. W ślad za tym rozbudowano sieci kanalizacyjne (ok. 96% miasta) i wodociągowe. Zmodernizowano stację uzdatniania wody. W 1996 roku Wąbrzeźno uroczyście obchodziło 750 – lecie istnienia. Z rokiem tym wiążą się również ważne dla rozwoju miasta decyzje oraz inwestycje.
Rada Miejska powołała, jako jedno z pierwszych w kraju, Regionalne Wąbrzeskie Towarzystwo Budownictwa Społecznego. Spółka jest obecnie jednym z największych inwestorów na lokalnym rynku budownictwa wielorodzinnego.
Istotnym wydarzeniem było otwarcie w 1996 r. stacji redukcyjnej gazociągu, który po latach starań władz samorządowych doprowadzono do miasta.
Od początku lat 90. w mieście oddano do użytku ok. 900 mieszkań w budownictwie wielorodzinnym. Powstały trzy nowe osiedla mieszkaniowe: Niepodległości, Marysieńka, 750-lecia Wąbrzeźna.
Wyłączone zostały wszystkie kotłownie węglowe, a ich miejsce zajęły ekologiczne kotłownie olejowe lub gazowe. Zmodernizowano oświetlenie uliczne. Wybudowano nowe drogi wewnętrzne, m.in. na Osiedlu Ptasim, przebudowano Plac Jana Pawła II, oddano do użytku pełnowymiarową halę sportową przy obecnym Gimnazjum nr 1.
W październiku 2005 roku oddano do użytku Pływalnię Miejską im. Pawła Bączyńskiego.
Podstawowym warunkiem rozwoju gospodarczego miasta jest dogodna komunikacja. Działania rozpoczęte w 2001 roku opracowaniem studium wykonalności, a zakończone w 2004 roku wykupem gruntów, były podstawą do zrealizowania wielkiego przedsięwzięcia-budowy obwodnicy miasta Wąbrzeźno. Inwestycję, realizowaną wspólnymi siłami starostwa powiatowego i miasta, zakończono 31 sierpnia 2006 roku. Oddana do użytku obwodnica o długości 7,8 km przyczyniła się do wyeliminowania uciążliwego ruchu tranzytowego z centrum miasta. Poprawiło się bezpieczeństwo ruchu drogowego, obniżył się poziom hałasu i emisji spalin. Wokół obwodnicy powstały dogodne tereny pod przyszłe inwestycje.